Fu possibile seppellire l’Apostolo Paolo in una necropoli romana, anche se cristiano, in quanto cittadino romano, decapitato tra il 65 e il 67 d.C..
A 1,37 m. sotto l’attuale Altare Papale, una lastra di marmo porta l’iscrizione PAULO APOSTOLO MART… Essa è composta da diversi pezzi. Quello che porta il nome PAULO è munito di tre orifizi, uno rotondo e due quadrati.
E’ sopra un sarcofago massiccio di 2,55 m. di lunghezza per 1,25 m. di larghezza e 0,97 m. di altezza che furono elevati gli “Altari della Confessione” successivi. Nel corso di recenti lavori è stata praticata una larga finestra sotto l’Altare Papale, per permettere ai fedeli di poter vedere la Tomba dell’Apostolo.
Nel 2009, nell’anno paolino in ricordo della bimillenaria nascita del santo, Papa Benedetto XVI ha annunciato che i sondaggi tecnologici hanno confermato la presenza dei resti di San Paolo, nella tomba.