La prima citazione di una cappella a Cuggiono risale al Basso Medioevo ed è contenuta nel Liber Notitiae Sanctorum Mediolani, in cui si legge che era filiale della pieve di San Genesio di Dairago.

Al principio del XVII secolo questo edificio si rivelò insufficiente a soddisfare le esigenze dei fedeli e, così, nel 1605 si prese la decisione di abbatterlo per farne sorgere al suo posto uno di dimensioni maggiori, il cui progetto fu affidato a Francesco Maria Richini; la prima pietra della costruenda chiesa venne posta il 25 aprile 1606 e i lavori terminarono nel 1633, mentre poi nel 1686 la parrocchiale divenne sede di un vicariato[.Nel 1753 l’arcivescovo Giuseppe Pozzobonelli, compiendo la sua visita pastorale, trovò che la parrocchiale, in cui avevano sede le confraternite di San Geronimo e della Beata Vergine del Santissimo, aveva alle sue dipendenze quattro oratori e che i fedeli erano 3000; il 14 giugno del medesimo anno il presule celebrò la consacrazione. La facciata venne portata a compimento nel 1846 su disegno del cuggionese ingegnere-architetto Giovanni Battista Bossi (1807-1882), mentre il pronao fu edificato nel 1902. Nel 1971, con la riorganizzazione territoriale dell’arcidiocesi voluta dal cardinale Giovanni Colombo, il vicariato di Cuggiono venne soppresso e la chiesa passò al decanato di Castano Primo; la struttura fu poi restaurata tra il 1998 e il 1999.